Spring Boot提倡基于Java的配置。尽管你可以使用XML源调用SpringApplication.run()，不过还是建议你使用@Configuration类作为主要配置源。通常定义了main方法的类也是使用@Configuration注解的一个很好的替补。
注：虽然网络上有很多使用XML配置的Spring示例，但你应该尽可能的使用基于Java的配置，搜索查看enable*注解就是一个好的开端。
你不需要将所有的@Configuration放进一个单独的类，@Import注解可以用来导入其他配置类。另外，你也可以使用@ComponentScan注解自动收集所有Spring组件，包括@Configuration类。
如果必须使用XML配置，建议你仍旧从一个@Configuration类开始，然后使用@ImportResource注解加载XML配置文件。